党员代表大会秘书长由上届党委在代表中提名,经代表酝酿讨论后,大会预备会议上表决通过。秘书长一般由负责筹备党员代表大会工作的党委副书记担任。秘书长是党员代表大会期间日常工作的组织者。其职责是:主持召开第一次主席团全体会议;在主席团的领导下,负责处理大会期间的事务性工作;领导大会秘书处,签发会议的各种文件。
党员代表大会根据工作需要,可以设副秘书长1—3名。副秘书长由上届党委提名,经大会主席团第一次会议表决通过。副秘书长一般应是代表大会代表。冈工作需要,不是代表的正式党员也可以担任。副秘书长协助秘书长工作。